Chałupy wcześniej nazywały się Budziszewo i Ceynowy od nazwisk mieszkających tu rybaków.  Nazwę Chałupy oficjalnie noszą od 1920r. Powstanie wsi Budziszewo jest związane z budową twierdzy Władysławowo przez króla Władysława IV. W dokumencie z 1678 roku Budziszewo pojawiło się przy okazji przekazania przez Gdańsk starostwa puckiego królowi polskiemu. Mieszkało tam wówczas 4 rybaków. W drugiej połowie XVIII wieku było już tu 11 domów rybackich. Każdy rybak płacił podatek i musiał składać dziesięcinę z połowu ryb. Pod koniec XIX w. Ceynowie mieszkało 70 rybaków. W latach 1872-1887 była to najmniejsza wieś na półwyspie i liczyła 200 mieszkańców.

Za czasów Królestwa Polskiego Chałupy stały się dobrami rycerskimi należącymi do Rzucewa. Mieszkańcy wsi byli wolni i nazywali swoją osadę wsią szlachecką. Chałupy należały kolejno do rodu Wejherów, Radziwiłłów, Sobieskich i Przebendowskich. Pod zaborem pruskim właścicielem wsi był von Belowa, później odsprzedał ją właścicielowi Rekowa za 500 talarów. Ponieważ wieś była biedna, a koszty utrzymania jej były wyższe od  zysków, sprzedawano ją za coraz niższe ceny. Ostatni właściciel berlińczyk, który nabył wieś za 1350 marek, porzucił ją i wyjechał. Dlatego do dziś każdy rybak w Chałupach uważa się za właściciela gruntu, na którym stoi dom i obejście.

Chałupy mają także niechlubną przeszłość. To tu  1836 roku odprawiono ostatni w Polsce sąd nad czarownicą. Historia ta została opisana nawet w polskiej literaturze. Wspomina o niej Stefan Żeromski w "Wietrze od morza" i Wanda Brzeska w powieści "Sprawa gminy Ceynowa". Wdowę po rybaku Krystynę Ceynowę oskarżono o czary. Dowodami na to było to , że nigdy nie chodziła do kościoła, a na jej kominie siadały wrony. Mieszkańcy wsi przeprowadzili tzw. „próbę wody”. Ponieważ wrzucona do wody kobieta nie utonęła, był to dowód na to, że była czarownicą. Mieszkańcy wsi pobili ją wiosłami i wtedy kobieta utopiła się. Na szczęście władze natychmiast zareagowały. Prowodyr zajścia sopocki znachor został skazany na dożywotnie więzienie, a dla oświecenia ludu we wsi wybudowano szkółkę parafialną.